不同的电极材料有着不同的特点：
钛镀铂电极：耐腐蚀性相当好，可以在非常苛刻的条件下使用，但铂的价格昂贵，资源较少，限制着其在国内的推广。
钛涂钌电极：是在钛基体上涂敷钌（Ru）、铱（Ir）、钛（Ti）的化合物，经高温处理后形成其混合氧化物；由于钌（Ru）、铱（Ir）、钛（Ti）的离子半径非常接近，点阵结构和空间群属于同一类型，因此在热处理的共氧化中能形成 RuO2-IrO2-TiO2 的固溶体，具有优越的耐腐蚀性能，很适合作为电极材料。
石墨电极：石墨电极很容易被腐蚀，其原因主要有化学腐蚀和机械磨损；石墨作为阳极时，由于阳极氧化，石墨被氧化为 CO2 或 CO，使其晶体结构被破坏而损坏；在电渗析装置中石墨电极损耗主要由于机械作用而造成的，高流速的极水对石墨有很强的冲刷作用，另一方面电极反应所产生的气体对石墨有冲击作用，加上电化学腐蚀，往往造成石墨颗粒剥落污染水质甚至堵塞极水通道；随着钛涂钌电极的出现，石墨电极已逐渐被淘汰。
不锈钢电极：一般说来，不锈钢只用作为阴极而不能作为阳极使用，否则因为天然水中多含有氯离子，会导致不锈钢的阳极溶解生成二价的铁、镍和铬离子。
正确选择电极的材料对于延长电极的使用寿命、降低系统投资和运行费用具有重要的意义，对于不同水质可选用不同材料的电极：
1 以氯化物为主要成分的天然水，可优先选用钛涂钌电极。
2 以硫酸盐为主要成分的天然水，可优先选用铅板、不锈钢、钛涂钌电极。
3 以重碳酸钙为主要成分的天然水，可优先选用不锈钢、钛涂钌电极。
4 混合离子的天然水，可优先选用钛涂钌、石墨以及钛涂铂电极。
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