纯化水设备的系统设计遵循模块化设计理念，将预处理、RO反渗透、EDI连续取电离子、消毒灭菌和储存分配等功能为基础单元，并由各个功能模块优化组合，经过组装调试，在验证后方可投入使用，确保整个系统的高性能和高质量，使得产出的纯化水达到的预期水质标准。
医药纯化水设备常用的工艺包括三种，分别为预处理+双级RO、预处理+单级RO+EDI、预处理+双级RO+EDI。通常根据企业原水水质和产水要求选择制备合适的制备工艺。若原水的电导率不高、硬度较好，可不采用EDI工艺，反之，则可采用EDI工艺。如果产水水质需达到《美国药典》标准要求，建议采用EDI工艺，因为EDI产水比RO产水的电导率更低。
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