适宜的营养条件、适宜的氧含量、合适的pH值、合适的环境温度以及合适的接种量这些条件有利于微生物的生长和繁殖。在纯化水系统中，微生物数量是纯化水重要的指标，微生物超标会导致水质不及格。因此，系统管道设计时充分考虑影响微生物生长的因素，实现有效控制系统微生物污染水平。
一、粗糙度
纯化水设备的管道内表面越粗糙，越容易给微生物的繁殖提供有利的条件，因微生物不断繁殖而形成的生物膜会导致系统中的微生物不合格。同时，表面过于粗糙，不利于系统的清洁，故应严格控制设备及管道的表面粗糙度。
在医药行业，整个纯化水系统管道采用304或316L不锈钢材质，外表粗糙度小于0.8μm。内表粗糙度小于0.6μm。
二、管道坡度
纯化水循环管线无坡度或者坡度不够，管道中的残留水将会成为微生物繁殖的“温床”，导致微生物污染超标。在纯化水系统中，所有排水管道坡度应在0.5%-5%之间，以便于停机时系统管道里的水能够自排尽，减少微生物滋生。
三、死角3D
死角3D指的是主管外壁到支管阀门密封垫的长度(L)≤支管直径(D)的3 倍。从清洁及消毒验证的角度能有效证明“3D死角标准”的合理性。经消毒验证表明，当死角“小于3D”时，支路很快达到消毒温度，当死角“大于3D”时，则在流速过低或过高时支路均达不到消毒温度。
图一 死角3D
四、空气阻断
通常根据纯化水储罐体积合理配置一个或多个呼吸器，以减少来自空气中的污染。空气呼吸器内一般安装疏水性聚四氟乙烯滤芯，孔径在0.1~0.2μm。所有的排水管道均设有空气阻断的距离并且距离应大于25mm，避免倒吸和交叉污染。
五、管道流速
纯化水系统的供水泵采用变频控制，稳定循环水回水流速大于1.5m/s，使整个循环系统保持湍流状态，并且湍流区雷诺数大于2100，可有效防止循环管道内形成生物膜，达到抑制微生物滋生的目的。另外，系统的前端采用双管路供水及单管路循环的设计，在不需要用水的时候，管道里的水可以保持微循环。
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