1、反渗透设备出水不合格（含电导率、硬度、变价金属等）
若是原水含盐量高，建议采用双极RO反渗透设备作为预除盐，其电导率保持在1～3μS/cm为最佳;进水CO2含量高，建议采用脱气膜或脱气塔将CO2去除。pH偏离中性太多，采用pH调节，使EDI进水pH值在7～8即可。在接触空气过程中，高纯水中溶入的二氧化碳气体致使电导率上升。因此，高纯水的电导率应在线密闭条件下进行检测。
2、EDI系统电流控制上出现问题
工作电流增大，产水水质不断变好。但如果在增至最高点后再增加电流，由于水电离产生的H+和OH-离子量过多，除用于再生树脂外，大量富余离子充当载流离子导电，同时由于大量载流离子移动过程中发生积累和堵塞，甚至发生反扩散，结果使产水水质下降。
3、pH值变化
EDI系统进水CO2含量高，如果CO2含量大于10ppm，EDI系统就不能制备高纯水了。
4、铁的污染
EDI系统运行中的铁污染，是造成其产水电阻进行性下降的主要原因之。如果在原水和预处理系统中，采用普通钢管，没有进行内部防腐处理，会造成系统内铁含量增高，铁被腐蚀后，溶解在水中大都以Fe(OH)2的形式存在，并进一步氧化，变成Fe(OH)3。Fe(OH)2是胶态物质，Fe(OH)3是悬浮状态。树脂对铁的亲和力强，被树脂吸附后，会造成不可逆反应。在阴、阳离子交换水处理中，阴、阳床会经过再生或清洗，可把树脂内的铁大部分除去。但在EDI设备的运行中，则没有再生和清洗，水中的微量铁元素便会在阴、阳树脂和阴、阳膜上黏附。铁的导电性能强，还来不及与阳离子树脂反应，便被EDI组件内靠近阴膜水中，在大电流的作用下向阳膜迁移。单纯的铁离子易于穿透，而胶状物的铁化合物则不易穿透阳膜，便被吸附在阳膜表面，污染阴、阳膜，最终导致EDI组件的工作性能下降，产水质量差，电阻值呈现进行性降低。
5、有机物污染
反渗透edi纯水设备进水中有机物胶体污染，反渗透只能去除相对分子量大于200的有机物胶体。低于200分子量的便进入EDI系统。这部分低分子量的物质便被组件内的阴、阳离子交换树脂吸附在骨架的网孔上和阴、阳膜的表面上，阻碍阴、阳离子的置换反应和水中离子穿透阴、阳膜的速度，从而造成EDI工作性能下降，产水的电阻率下降。
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