原水在经过反渗透膜时，难溶性的盐类会停留在膜表面，成固体积淀析出。在反渗透设备运行的过程中，其低压冲洗过程中产生的压力会产生淡水，而两侧的的水的浓度会自然加深，加深的同时就会导致盐的浓度加深，盐中含有大量的可积淀的物质，时间长就会浮现结垢气象。因此，只有难溶性的盐类不超过饱和的界限就可能有效防止结垢现象的发生。其中，在设计的方面，为了可能更好的把浓水置更换出来，可能尽量保障浓水含盐量低。
而在自然的水源中存有的主要难溶性盐类主要有：碳酸钙、硫酸钡、硫酸钙、氟化钙、硫酸锶跟二氧化硅等。在反渗透系统设计的时候，需要特别留心的是硫酸钡跟硫酸锶。硫酸钙浓度的增加以及水温的降落，也会导致硫酸锶的溶解度下降。
此外，一些自然水体中含量不高的无机物会因为人为因素，例如加药等，被带入给水中，例如：磷酸根、铁跟铝等这些无机盐往往溶度积很低，极易发生结垢，因此当系统投加药剂（如絮凝剂、助凝剂、阻垢剂、酸跟碱等）时，考虑到这些人为引入的离子成分的影响。
有时甚至会出现投加的不同药剂发生彼此作用导致难溶物质析出，进而沾染膜元件的情况。如果碰到这种情况时，在投加多种药剂时，应该留心这些药剂的成分，有条件的可能通过试验确认它们的兼容性。为了更好的保护反渗透设备，延长反渗透设备的利用寿命，可预先对原水进行预处理，经活性炭或者石英砂过滤可滤去大颗粒杂质，再经过离子交换树脂软化，去除水中的钙镁等离子，就可避免结垢现象。
为了防止结垢，在滤速方面，过滤器的滤速不能太快也不能太慢，反洗过程中要存在一定的时间跟流速，反洗成果好，过滤器的运行才能良好；在水流运行时，要保障水流的均匀性，只有水流均匀，过滤成果才能良好；在滤料方面，需要考虑滤料的粒径大小跟均匀程度。总之，公平的利用反渗透设备的膜处理，可能进一步的有效防止反渗透设备中结垢现象出现。
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