根据生物反应器和膜组件的设置位置和加压方式分为外置式和浸没式两种。外置式MBR生物反应器内的混合液经泵增压后进入膜组件，在压力作用下混合液中的水透过膜成为处理出水，其余物质被截留并随浓缩液回流到反应器内，系统过滤水的方向由内向外。
浸没式MBR，也称一体式MBR，膜组件置于生物反应器内，滤液由泵吸出，设在膜组件下方的曝气装置除具有充氧功能外，造成的强烈搅拌作用减轻了混合液中悬浮物在膜表面的吸着。
在制药行业中，MBR具有可使生物处理单元内生物量维持在高浓度，减少生物反应器的占地面积，使一些大分子难降解有机物的停留时间变长，有利于它们的分解;也可采用反冲洗和化学清洗减缓膜通量的下降，从而维持MBR系统的有效使用寿命。
专家表示，MBR在制药废水处理中有很多优势，比如，分离效率高，出水水质有保证。制药废水中含有大量悬浮物质，通过膜的分离作用，使得出水中悬浮物和浊度接近于零。
污泥浓度高，生化能力强。以膜组件代替二沉池，几乎全部活性污泥均可停留在反应器内，能够有效地提高污泥浓度。
据了解，MBR的污泥浓度可达18000~19000mg/L。专家表示：“与传统工艺相比，能够提高污泥浓度，且在发生污泥膨胀后可避免活性污泥流失。”
提高了难降解有机物的净化效率高，缩短了水力停留时间。制药废水中的难降解有机物被截留在反应器内，获得了比传统生物法过多的与微生物接触的时间，有利于某些专性微生物的培养，提高难降解有机物的净化效率。
利于硝化细菌生长，NH3-N去除效果好。MBR的膜不能对NH3-N产生截留作用，导致MBR具有较高的NH3-N去除率的主要原因是反应器内存在大量硝化细菌。在膜的分离作用下，生长缓慢的硝化细菌被停留在反应器内，为其生长繁殖创造了有利条件。
随着医药工业的发展，制药废水已成为重要的污染源之一。而由于制药废水成分复杂、有机物含量高、毒性大、色度深、生化性很差，很难处理。MBR处理工艺具有工艺流程简单、处理效果稳定、管理便利等技术优势。
MBR工艺作为一种新型污水处理工艺，虽然在制药废水处理中未得到广泛的应用，但采用MBR处理工艺技术可以避免传统工艺处理废水过程中含有部分残留的药物物质，抑制了微生物的生长、繁殖，造成污泥膨胀，终使生化处理失效的现象。
另外，MBR工艺也存在膜容易被污染，运行一定时间后要对膜进行反冲洗并随着运行时间增加，反冲洗的周期不断缩短;制造成本高，能耗较高。
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