井水净化则比较复杂，不同地方的井水情况不一样，比如黄土高坡的地下水普遍含氟过高，卡斯特地貌的地下水普遍含钙过高（俗称硝），还有一些地下水含铁锰过高，各地情况差别很大，处理方式也大相径庭。总之处理必须要有针对性，事前应该进行水质化验，然后根据化验结果进行针对性的净化处理。目前这些处理方法都比较成熟。
除了上面去除水中超标矿物质外，通常还要对井水进行除浊净化，这方面选用物理过滤的方式较好，初级过滤可选用砂缸过滤，中级过滤可以选用PP棉芯、陶瓷芯过滤，更深一级过滤可选用中空超滤过滤，精度可达0.01UM，细菌病毒都能过滤掉。
